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Hochwertige Mikroskopie-Bildanalysesoftware ist entscheidend, um maßgeschneiderte Bildanalyselösungen für verschiedene biomedizinische Studien zu erstellen. Idealerweise ist sie mit einer kurzen Entwicklungszeit verbunden. In einer idealen Welt wäre Open-Source-Software zur Analyse von Mikroskopie-Aufnahmen für Nutzer:innen ohne viel Programmiererfahrung zugänglich, von vornherein für erfahrene Entwickler:innen erweiterbar, unabhängig von spezifischen Datenbanken und daher wiederverwendbar, und sie würde Qualitätssicherungen unterliegen. Doch in der Realität vereinen selbst die am meisten verbreiteten Softwareprogramme für diese Biobildanalyse nicht alle der oben genannten Eigenschaften.

Beim Projekt »Quality Bioimage SEGmentation« widmen sich die ISAS-Forschenden daher der Weiterentwicklung des »Allen Cell and Structure Segmenter« (Allen Institute for Cell Science, USA). Dabei handelt es sich um die modernste Open-Source-Software für die Strukturanalyse von lebenden Zellen. Mit ihrem Projekt »Quality Bioimage SEGmentation« möchten die Forschenden der ISAS-Arbeitsgruppe AMBIOM die »Allen Cell and Structure Segmenter«-Software erweitern und KI-Vorlagen und Test-Suiten für die Qualitätssicherung und Wiederverwendbarkeit einer erweiterten Bioimaging-Community bereitstellen.

Dr. Jianxu Chen leitet das Projekt und ist mit dem »Allen Cell and Structure Segmenter« bestens vertraut. Vor seinem Wechsel zum ISAS war er am Allen Institute for Cell Science tätig und Hauptdesigner und -entwickler des Software-Prototyps. Er leitete auch ein Team von Software-Ingenieuren und Designern bei der Entwicklung des napari-Plugins für klassische Segmentierungs-Workflows.

Das Allen Institute for Cell Science ist ein Kooperationsparner des ISAS und unterstützt das Projekt. Die Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) fördert das Vorhaben für die nächsten drei Jahre.

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