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Prof. Dr. Jianxu Chen

Portrait von Dr. Jianxu Chen

Jianxu Chen leitet am ISAS die vom Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) geförderte Nachwuchsgruppe AMBIOM – Analysis of Microscopic BIOMedical Images. Seine Forschung dreht sich um biomedizinische Bildanalysen und Deep Learning. Chen ist Experte für die Entwicklung skalierbarer biomedizinischer Bildanalysealgorithmen auf der Grundlage künstlicher Intelligenz (KI), beispielsweise für die Koordination und Auswertung dreidimensionaler Mikroskopie-Aufnahmen.

Nach seiner Promotion in Informatik an der University of Notre Dame in Indiana (USA) arbeitete Chen am Allen Institute for Cell Science in Seattle. Dort leitete er die Forschungs- und Entwicklungsarbeiten im Bereich der Mikroskopie-Bildanalyse und die Vorbereitung für die Mikroskopie-Bildanalyse in großem Maßstab für die Produktion. Für die Position als Gruppenleiter am ISAS, zog Chen mit seiner vierköpfigen Familie ins Ruhrgebiet. Im Juli 2026 wurde er zum Professor für KI für die Biomedizinische Analytik an der Fakultät für Medizin der Universität Duisburg-Essen berufen.

Ausgewählte Publikationen

BioTechniques, Bd. 78, Nr. 1-12, 2026, S. 323-343

Cao K, Gao C, Zhang X, Pan X, Chen J, Wang H.

Recent advances in deep learning for biological microscopy image analysis beyond segmentation

https://doi.org/10.1080/07366205.2026.2730974

Npj imaging, Bd. 4, Nr. 1, 2026

Xu X, Sonneck J, Wang H, Burkard R, Wöhrle H, Grabmaier A, Gunzer M, Chen J.

FlowRoI: fast optical-flow-based Roi extraction for high-throughput immune cell image compression

https://doi.org/10.1038/s44303-026-00178-3

Advanced Science, Bd. 13, Nr. 52, 2026, S. e76236

Jung M, Beer A, Ghosh S, Pylaeva E, Alshaar B, Tertel T, Leimkühler NB, Schroeder T, Gronewold J, Hagemann N, Mohamud Yusuf A, Frank B, Zhang Y,…

CD177 Deficiency Defines a Stable Subtype of Human Neutrophil Granulocytes with Tumor Promoting Activity

https://doi.org/10.1002/advs.76236

Nature Methods, Bd. 23, Nr. 7, 2026, S. 1256-1258

Meharry SL, Borensztejn A, Gaudreault N, Lucas J, Medrash G, Schaefbauer L, Toloudis D, Wallace A, Whitney B, Wilhelm L, Ben-Simon Y, Burel JM, Chen…

Search, organize, aggregate and share image data with BioFile Finder (BFF)

https://doi.org/10.1038/s41592-026-03130-w

Npj imaging, Bd. 2025, Nr. 3, 2025

Pan Z, Sonneck J, Nagel D, Hasenberg A, Gunzer M, Shi Y, Chen J.

AutoQC-Bench: a diffusion model and benchmark for automatic quality control in high-throughput microscopy

https://doi.org/10.1038/s44303-025-00117-8

Nature Computational Science, Bd. 5, Nr. 11, 2025, S. 1041-1050

Dai G, Zhang R, Wuwu Q, Tseng C, Zhou Y, Wang S, Qian S, Lu M, Tuz AA, Gunzer M, Huang T, Chen J, Zhang S.

Implicit neural image field for biological microscopy image compression

https://doi.org/10.1038/s43588-025-00889-4

PLOS Computational Biology, 2025

Kitanovski S, Conroy S, Sonneck J, Claas L, Dorsch M, Urban S, Chen J, Kaiser M, Grüner B, Hoffmann D.

Uncertainty-aware quantitative analysis of high-throughput live cell migration data

https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1014472

Npj imaging, Bd. 3, Nr. 1, 2025, S. 29

Cao J, Wenzel J, Zhang S, Lampe J, Wang H, Yao J, Zhang Z, Zhao S, Zhou Y, Chen C, Schwaninger M, Yang J, Chen DZ, Chen J.

Rethinking deep learning in bioimaging through a data centric lens

https://doi.org/10.1038/s44303-025-00092-0

Analytical Chemistry, Bd. 97, Nr. 23, 2025, S. 11980-11985

Saw NMMT, Kowitz L, Lampen P, Kasarla SS, Fecke A, Chen J, Phapale P.

MSI-Explorer: Napari-Powered Tool for Mass Spectrometry Imaging Data Analysis

https://doi.org/10.1021/acs.analchem.5c01513

Journal of leukocyte biology, Bd. 117, Nr. 2, 2025

Cibir Z, Beer A, Kraus A, Pillibeit A, Bludau D, Abdulla H, Neuendorff NR, Sonneck J, Kowitz L, Riese S, Tuz A, Chen J, Cherneha M, Beelen DW,…

Risk beyond neutropenia: insights into neutrophil migration from newly diagnosed AML until late after allogeneic stem cell transplantation

https://doi.org/10.1093/jleuko/qiae250
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