Biologische Systeme sind enorm anpassungsfähig und verändern sich ständig. Zellen und Gewebe reagieren sehr schnell auf äußere Einflüsse; diese dynamischen Veränderungen bilden einen Forschungsschwerpunkt des Projekts.
Um den Zusammenhang zwischen diesen dynamischen Veränderungen und verschiedensten Krankheiten (etwa Krebs, Blutgerinnungsstörungen oder Herz-Kreislauf-Erkrankungen) zu verstehen und mögliche Ansatzpunkte für neue Therapien zu finden, müssen biologische Systeme zunächst grundlegend erforscht werden. Dafür benötigt die Arbeitsgruppe zuverlässige und reproduzierbare Methoden, mit denen möglichst viele Komponenten solcher Systeme erfasst werden können.
So geht man zum Beispiel davon aus, dass es in einer Zelle etwa 10.000 verschiedene Proteine gibt, die miteinander kommunizieren und interagieren. Die Konzentrationen dieser Proteine können – je nach Zelltyp – bis zu sechs Größenordnungen umspannen, sodass häufig vorkommende Proteine wie Strukturproteine millionenfach vorliegen, während seltene Proteine nur zehn bis 100 Kopien pro Zelle aufweisen. Die Gruppe erforscht daher nicht nur, welche Proteine vorhanden sind (qualitative Analyse), sondern auch, in welchen Mengen sie vorliegen (quantitative Analyse).
Dazu verwendet und optimiert sie verschiedene LC-MS-Techniken, etwa die markierungsfreie Quantifizierung. Ziel ist es unter anderem, auch mit geringen Probenmengen zuverlässige Analysen durchzuführen und die Abläufe zu standardisieren, um die Methoden auch für klinische Anwendungen zugänglich zu machen. Dabei spielt die Entwicklung von Qualitätsstandards eine große Rolle: Jeder Schritt der Analyse, von der Probenvorbereitung bis zur Datenauswertung, muss reproduzierbar und zuverlässig funktionieren.
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Ausgewählte Publikationen
bio-protocol, Bd. 13, Nr. 22, 2023, S. e4880
Kale D, Sachsenheimer T, Sickmann A, Brügger B.
A New, Rapid Method for the Quantification of Dolichyl Phosphates in Cell Cultures Using TMSD Methylation Combined with LC-MS Analysis
https://doi.org/10.21769/BioProtoc.4880
Platelets, Bd. 33, Nr. 8, 2022, S. 1293-1300
Cheung HYF, Moran LA, Sickmann A, Heemskerk JWM, Garcia A, Watson SP.
Inhibition of Src but not Syk causes weak reversal of GPVI-mediated platelet aggregation measured by light transmission aggregometry
https://doi.org/10.1080/09537104.2022.2069235
Archives of Toxicology, Bd. 96, Nr. 8, 2022, S. 2341-2360
Merches K, Breunig L, Fender J, Brand T, Bätz V, Idel S, Kollipara L, Reinders Y, Sickmann A, Mally A, Lorenz K.
The potential of remdesivir to affect function, metabolism and proliferation of cardiac and kidney cells in vitro
https://doi.org/10.1007/s00204-022-03306-1
International Journal of Molecular Sciences , Bd. 23, Nr. 15, 2022
Huang J, Jooss NJ, Fernandez D, Sickmann A, Garcia A, Wichapong K, Dijkgraaf I, Heemskerk JWM.
Roles of Focal Adhesion Kinase PTK2 and Integrin αIIbβ3 Signaling in Collagen- and GPVI-Dependent Thrombus Formation under Shear
https://doi.org/10.3390/ijms23158688
Journal of Proteome Research, Bd. 21, Nr. 4, 2022, S. 1181-1188
Loroch S, Kopczynski D, Schneider AC, Schumbrutzki C, Feldmann I, Panagiotidis E, Reinders Y, Sakson R, Solari FA, Vening A, Swieringa F, Heemskerk…
Toward Zero Variance in Proteomics Sample Preparation
https://doi.org/10.1021/acs.jproteome.1c00706
International Journal of Molecular Sciences, Bd. 23, Nr. 3, 2022
Rosa A, Butt E, Hopper CP, Loroch S, Bender M, Schulze H, Sickmann A, Vorlova S, Seizer P, Heinzmann D, Zernecke A.
Cyclophilin A Is Not Acetylated at Lysine-82 and Lysine-125 in Resting and Stimulated Platelets
https://doi.org/10.3390/ijms23031469
International Journal of Molecular Sciences, Bd. 23, Nr. 2, 2022
Schanbacher C, Bieber M, Reinders Y, Cherpokova D, Mathejka C, Nieswandt B, Sickmann A, Kleinschnitz C, Langhauser F, Lorenz K.