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Das ISAS ist eine gemeinnützig tätige Forschungseinrichtung in der Rechtsform eines eingetragenen Vereins. Zweck des Vereins ist die Förderung der analytischen Wissenschaften auf den Gebieten der Material- und Lebenswissenschaften. Die Organe des Vereins sind der Vorstand, das Kuratorium, der wissenschaftliche Beirat und die Mitgliederversammlung. Das Institut ist in drei Forschungsabteilungen an den beiden Standorten in Dortmund sowie zwei Applikationslabore in Berlin gegliedert; die Abteilungen und Gruppen des Geschäftsbereichs Administration sind als Stabsstellen organisiert.
Als Mitglied der Leibniz-Gemeinschaft wird das Institut durch die Bundesrepublik Deutschland und ihre Länder gefördert.