Prof. Dr. Matthias Gunzer leitet am ISAS die Abteilung Biospektroskopie und die Forschungsgruppe Biofluoreszenz. Er ist zudem Direktor des Instituts für Experimentelle Immunologie und Bildgebung am Universitätsklinikum Duisburg-Essen. Seit 2011 hat Gunzer eine Professur an der Universität Duisburg-Essen.
Seine Forschungsarbeit konzentriert sich auf alle Aspekte der Biologie muriner (von Mäusen stammenden) und humaner Neutrophile. Gunzer und sein Team entwickeln neue Tiermodelle sowie neuartige Mikroskopie-Instrumente für Hochdurchsatzanalysen humaner Neutrophile sowie – in Zusammenarbeit mit anderen ISAS-Forschungsgruppen – die molekulare Analyse weniger Zellen aus biologischem Gewebe.
Nach dem Studium der Biochemie an der Julius-Maximilians-Universität Würzburg und der Universität Witten/Herdecke begann Gunzer seine Promotion am Institut für Immunologie unter der Leitung von Kurt Zänker (Witten/Herdecke). In der Arbeitsgruppe von Peter Friedl machte Gunzer erste Erfahrungen mit der Bedeutung der Immunzellmigration und der Zell-Zell-Kommunikation. In dieser Zeit konzentrierte er sich auf T- und B-Zellen sowie dendritische Zellen. Sein besonderes Interesse galt zu dem Zeitpunkt bereits Neutrophilen. Die immunologische Synapse stand im Mittelpunkt von Gunzers Forschung als Postdoktorand an der Universität Münster im Labor von Stephan Grabbe. Sie war auch in seiner Funktion als Nachwuchsgruppenleiter am Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung in Braunschweig ein wichtiger Aspekt seiner Arbeit.
Im Anschluss arbeitete der verheiratete Vater von drei Kindern als Assistenzprofessor für molekulare Immunologie gemeinsam mit Burkhart Schraven an der Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg. In dieser Zeit entwickelten Gunzer und seine Kollegen das Catchup-Mausmodell. 2011 wechselte Gunzer an die Universität Duisburg-Essen, um das Institut für Experimentelle Immunologie und Bildgebung zu gründen und zu leiten.
Der Immunologe ist ein begeisterter Wissenschaftskommunikator. Während der Corona-Pandemie hielt Gunzer öffentliche Vorträge über die Bedeutung von Impfungen und die zugrundeliegenden Mechanismen im menschlichen Körper. Darüber hinaus gibt er regelmäßig der breiten Öffentlichkeit einen Einblick in seine Forschungsarbeit, indem er sich aktiv am Austausch über Tiermodelle und 
-versuche beteiligt und diesen unterstützt.