de.NBI-Konsortium stellt optimiertes Analyse-Tool zur Verfügung

Das de.NBI-Konsortium (Deutsches Netzwerk für Bioinformatik-Infrastruktur), an dem auch die Lipidomics-Gruppe um Robert Ahrends vom ISAS beteiligt ist, hat Anfang des Jahres das Analyse-Tool iceLogo bereitgestellt. Das Programm vergleicht die Sequenzen von Biomolekülen wie DNA oder Proteinen und macht dabei so genannte „konservierte Bereiche“ sichtbar, die – zum Beispiel – über viele verschiedene Spezies hinweg immer gleich sind. Solche konservierten Bereiche sind oft ein Hinweis darauf, dass dieser Teil eines Biomoleküls wichtige physiologische Funktionen erfüllt: Wenn er sich verändert, geht die Funktion verloren, so dass Veränderungen von der Evolution nicht toleriert werden.

iceLogo ist eine optimierte Version der „Sequence logos“, die schon 1990 entwickelt wurden und für die Darstellung des Sequenzvergleichs einen grafischen Trick nutzen: Die Sequenzen werden übereinander gelegt. Wenn nun zum Beispiel in einem Protein über verschiedene Spezies hinweg an einer bestimmten Stelle immer die Aminosäure Glycin auftaucht, dann zeigt die Software an dieser Stelle ein überdimensionales „G“ als Kürzel für Glycin an. Je größer der dargestellte Buchstabe, desto größer ist die Übereinstimmung zwischen den verglichenen Sequenzen – so lassen sich konservierte Bereiche auf den ersten Blick erkennen. Anders als die „Sequence Logos“ ist iceLogo allerdings in der Lage, mit jedem beliebigen Referenz-Set zu arbeiten, das der Nutzer ihm zur Verfügung stellt. So vermeidet das Tool statistische Ungenauigkeiten.

iceLogo wurde an der Universität Gent in Belgien entwickelt und am ISAS in einem Webservercluster aufgesetzt, so dass es nun die Lasten auf mehrere Server verteilt und dadurch flüssiger läuft. Diese Möglichkeit zu implementieren war Teil der Abschlussarbeit von Jannis Schulte, der am ISAS seine Ausbildung zum Fachinformatiker Systemintegration absolviert und Ende Januar erfolgreich abgeschlossen hat.

Weiterführende Links:

iceLogo online

Computational Omics and Systems Biology Group der Uni Gent

Lipidomics-Gruppe am ISAS