Im Zentrum des Strategiefonds „Wettbewerb“ steht die Förderung wissenschaftlicher Ideen, die die strategische Ziele des ISAS in besonderer Weise unterstützen. Für diesen internen Wettbewerb hat das Institut die Förderlinien „Integrative Research“ und „Early Independence“ etabliert, die immer im Wechsel ausgeschrieben werden. Die Projekte werden für bis zu drei Jahre gefördert; je nach Finanzierbarkeit können auch mehrere zu einem Wettbewerbsaufruf eingegangene Projekte durchgeführt werden.
Der erste Wettbewerb zur Förderlinie „Integrative Research“ lief im Jahr 2014 mit zwei Projekten an, die mittlerweile erfolgreich beendet wurden. Mitte 2016 startete die zweite Ausschreibungsrunde für diese Förderlinie mit einem Aufruf für interdisziplinärer Projekte, die die Profilbildung des ISAS mit seinem neuen Fokus auf Applikationen für die Gesundheitsforschung in besonderem Maße vorantreiben.